Jihočeský vodárenský svaz vznikl v rámci privatizace společnosti JiVaK s. p.. JiVaK s. p. byl společností zajišťující výrobu a dodávku pitné vody a odvádění a čištění v oblasti jihočeského regionu do roku 1994. Podle privatizačního projektu vodohospodářský infrastrukturní majetek (tj. úpravny vody, dálkové vodovodní řady, vodojemy a čerpací stanice, vodovodní sítě, kanalizace a čistírny odpadních vod) byl převeden do vlastnictví sdružení měst a obcí, popř.přímo jednotlivým městům a obcím. Provozovatelský majetek byl vložen do akciové společnosti Vodovody a kanalizace Jižní Čechy a. s.
V roce 1996 byly valnou hromadou přijaty stanovy, které definovaly majetek JVS a způsob nakládání s ním. Majetek, který slouží k zásobování vodou nebo odvádění a čištění odpadních vod rozhodující mírou jedinému městu nebo obci a jeho ekonomické, provozní a funkční vyčlenění není spojeno s neúměrnými provozními a technickými obtížemi a náklady, byl označen jako oddělitelný a stanovy umožnily jeho vydání městům a obcím, které o něj požádaly.Většina měst a obcí v jihočeském regionu vyňala svůj oddělitelný majetek z JVS, resp. jej do JVS nevložila.
Majetek, který slouží společně více obcím, byl označen jako majetek nedělitelný a jeho vydání není možné. Jedná se zejména o systém zásobování pitnou vodou – Vodárenskou soustavu. Vodárenská soustava sestává zejména z úpraven vody, dálkových potrubních řadů, čerpacích stanic a vodojemů, předávacích a měrných objektů, řídících systémů s dispečinkem a obslužného majetku. Celková délka dálkových řadů dosahuje 533 km. Pořizovací hodnota tohoto majetku je zhruba 3,5 miliardy Kč. Soustava slouží k zásobování území o rozloze 6 300 km2, s počtem zásobovaných obyvatel 380 tis. a roční objem dodané vody se pohybuje okolo 16 mil. m3. Vodárenská soustava tak pokrývá zhruba dvě třetiny spotřeby pitné vody v jihočeském regionu.
Předmětem činnosti JVS je zajištění správy, provozu a rozvoj zařízení pro zásobování pitnou vodou a k odvádění a čištění odpadních vod. Těmito činnostmi naplňuje JVS poslání, dané zejména zakládací smlouvou sdružení a stanovami JVS.